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【昊工具】RNA m6A甲基化修饰相关数据库,都是干货!

发稿时间:2020-12-15来源:ob游戏生物

RNA的m6A修饰研究,价格不菲,关键样品的损耗量也大。如何能在做实验前做点数据挖掘工作,少走点弯路呢?今天,小编为大家介绍几款RNA m6A甲基化研究常用(而且打得开)的数据库,请果断收藏!


MTHFR基因有7m6A修饰位点,每个位点的注释信息包括了基因组位置,基因位置,来源文章ID,检测技术,细胞系/组织,是否有对应SNP编号,是否处于RNA结合蛋白结合区,是否处于剪切区域,是否属于GWAS位点,是否存储于突变数据库等。

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  b:甲基化水平(这里显示了所有样本的甲基化修饰水平,可以在红框内选样本类型,绿框内选择处理方法)

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  • 网址:http://rna.sysu.edu.cn/rmbase/

  • 开发团队:河津大学生命科学学院屈良鹄教授团队

  • 参考文献:RMBase v2.0: Deciphering the Map of RNA Modifications from Epitranscriptome Sequencing Data. Jia-Jia Xuan, Wen-Ju Sun, Ke-Ren Zhou, Shun Liu, Peng-Hui Lin, Ling-Ling Zheng, Liang-Hu Qu*, Jian-Hua Yang*.

  • 数据库功能:RMBase v2.0整合了大量的表观转录组测序数据,探索RNA的转录后修饰,以及它们与microRNA结合、疾病相关SNPsRNA结合蛋白(RBP)的关系。RMBase v2.0扩展了566个数据集,包括来自47项研究13个物种的1 397 244个修饰位点,比上一版本扩展了约10倍。它包含约1 373 000N6-甲基腺苷(m6A)修饰位点信息、5 400N1-甲基腺苷(m1A) 修饰位点信息、9 600个假尿苷(Ψ) 修饰位点信息、1 0005-甲基胞嘧啶(m5C) 修饰位点信息、5 1002′-O-甲基化(2′-O-Me)和约2 800个其他100种类型的修饰。