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【昊思路】SNP牵手RNA,谱写令人心动的文章

发稿时间:2020-11-30来源:ob游戏生物



Integrative Genomic Analysis Predicts Regulatory Role of -Methyladenosine-Associated SNPs for Adiposity .

影响因子: 5.201

PMID32733881

期刊年卷:Front Cell Dev Biol 2020;8


研究思路:

 

1)下载BMIGWAS统计结果数据,与m6AVar(http://m6avar.renlab.org/)中的SNP list取交集(可查询影响RNA m6A修饰SNP的数据库,详情点击文章链接:【昊工具】m6AVar数据库:又一个热点,前沿的宝藏数据库。


2)获得20993个可能影响m6A修饰的SNP,并在BMI GWAS研究中满足p小于5E-5。

3)查询Haploreg数据库【昊工具】SNP的调控功能哪里挖?HaploReg和RegulomeDB数据库了解一下,查询哪些SNPeQTL(调控基因位点)的位点。

4)获得167eQTL位点。

5)下载GEO数据,分析差异表达基因(GSE8883730名瘦弱和肥胖的青春期女性腹部手术时提取的内脏脂肪组织的基因表达水平;GSE10959790名健康对照和超重参与者的全外周血样本;GSE70353770名不同BMI值的男性皮下脂肪组织基因表达水平的大规模人群研究)。6)获得88个肥胖候选基因(差异表达并且携带前述步骤筛选出来的eQTL)。




小编看到这,感觉这个流程图似曾相识。原来之前已经给大家分享过一个类似的研究思路(点击链接【昊工具】m6AVar数据库:又一个热点,前沿的宝藏数据库

In silico genome-wide identification of m6A-associated SNPs as potential functional variants for periodontitis.
影响因子:5.546


PMID31245852

期刊年卷:J Cell Physiol 2020 02;2352(2) 生物二区 生理学 Q1 13/83DOI10.1002/jcp.29005 


一样的研究思路,不一样的疾病类型。


原来,成功的经验真的可以复制!


更多SNP+m6A文章

1Prog Neuropsychopharmacol Biol Psychiatry (Ifs4.315). 2020 Jan 10;96:109736. doi: 10.1016/j.pnpbp.2019.109736. Epub 2019 Aug 16.Integrating genome-wide association study and methylation functional annotation data identified candidate genes and pathways for schizophrenia2Genome-wide identification of m6A-associated SNPs as potential functional variants for bone mineral density.Mo XB, et al. Osteoporos Int (Ifs3.91). 2018. PMID: 299808103Hypertens Res (IF: 3.217). 2019 Oct;42(10):1582-1589. doi: 10.1038/s41440-019-0277-8. Epub 2019 Jun 7.Examination of the associations between m 6 A-associated single-nucleotide polymorphisms and blood pressure4Epigenomics (IF: 4.979). 2018 Oct;10(10):1279-1287. doi: 10.2217/epi-2018-0007. Epub 2018 Sep 17.Detection of m 6 A-associated SNPs as potential functional variants for coronary artery disease5Pharmacogenomics J (IF: 3.503). 2019 Aug;19(4):347-357. doi: 10.1038/s41397-018-0055-z. Epub 2018 Sep 27.Genome-wide enrichment of m 6 A-associated single-nucleotide polymorphisms in the lipid loci




Pri-miR-144 rs9279 is associated with type 2 diabetes and regulation of stress response.
影响因子:5.546

PMID32557658

期刊年卷:J Cell Physiol 2020 Jun 18; 生物二区 生理学 Q1 13/83
研究思路1)筛选6microRNA相关SNPmicroRNA为前期报道的神经内分泌应激反应相关miRNAs),筛选标准:

(a) located at the primiRNA region, premiRNA region, or mature miRNA; 

(b) minor allele frequency (MAF) ≥0.1 in Chinese Han populations; 

(c) having potentially function as predicted by SNP function prediction (FuncPred) software (http://snpinfo.niehs.nih.gov/ snpfunc.htm)。

2)504 T2D患者和494例对照样本进行关联研究初筛。

3)获得primiR144上的阳性位点rs9279,在第二阶段样本进行验证(596对样本)。

4)基于患者对照血清样本的primiR144表达水平检测提示,不同基因型样本表达差异显著,GG患者的表达水平显著高于TT,TG携带者(下图)。



5)基于数据库预测 (www.targetscan.org), NR3C1 (glucocorticoid receptor [GR] gene) miR144的潜在靶基因 (下图a). 基于双荧光报告系统验证了两者的靶标关系(下图b)。


6)基于患者对照血清样本的NR3C1表达水平检测提示,不同基因型样本表达差异显著,GG患者的表达水平显著低于TT,TG携带者。



MALAT1 rs664589 Polymorphism Inhibits Binding to miR-194-5p, Contributing to Colorectal Cancer Risk, Growth, and Metastasis.

影响因子:9.727

PMID31311811

期刊年卷:Cancer Res 2019 10 15;7920(20) 医学一区 肿瘤学 Q1 17/223研究思


研究摘要