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【昊思路】SNP牵手RNA,谱写令人心动的文章

 


原创 北京ob游戏生物 
 


 

Integrative Genomic Analysis Predicts Regulatory Role of -Methyladenosine-Associated SNPs for Adiposity .

影响因子: 5.201
PMID32733881
期刊年卷:Front Cell Dev Biol 2020;8

 

研究思路:


 
 

1)下载BMIGWAS统计结果数据,与m6AVar(http://m6avar.renlab.org/)中的SNP list取交集(可查询影响RNA m6A修饰SNP的数据库,详情点击文章链接:【昊工具】m6AVar数据库:又一个热点,前沿的宝藏数据库
2)获得20993个可能影响m6A修饰的SNP,并在BMI GWAS研究中满足p小于5E-5。
3)查询Haploreg数据库(【昊工具】SNP的调控功能哪里挖?HaploReg和RegulomeDB数据库了解一下),查询哪些SNPeQTL(调控基因位点)的位点。
4)获得167eQTL位点。
5)下载GEO数据,分析差异表达基因(GSE8883730名瘦弱和肥胖的青春期女性腹部手术时提取的内脏脂肪组织的基因表达水平;GSE10959790名健康对照和超重参与者的全外周血样本;GSE70353770名不同BMI值的男性皮下脂肪组织基因表达水平的大规模人群研究)。
6)获得88个肥胖候选基因(差异表达并且携带前述步骤筛选出来的eQTL)。
 

 

小编看到这,感觉这个流程图似曾相识。原来之前已经给大家分享过一个类似的研究思路(点击链接【昊工具】m6AVar数据库:又一个热点,前沿的宝藏数据库)。

In silico genome-wide identification of m6A-associated SNPs as potential functional variants for periodontitis.
影响因子:5.546
PMID31245852
期刊年卷:J Cell Physiol 2020 02;2352(2) 生物二区 生理学 Q1 13/83DOI10.1002/jcp.29005 


 
一样的研究思路,不一样的疾病类型。
原来,成功的经验真的可以复制!

 

更多SNP+m6A文章

1Prog Neuropsychopharmacol Biol Psychiatry (Ifs4.315). 2020 Jan 10;96:109736. doi: 10.1016/j.pnpbp.2019.109736. Epub 2019 Aug 16.
Integrating genome-wide association study and methylation functional annotation data identified candidate genes and pathways for schizophrenia
2Genome-wide identification of m6A-associated SNPs as potential functional variants for bone mineral density.Mo XB, et al. Osteoporos Int (Ifs3.91). 2018. PMID: 29980810
3Hypertens Res (IF: 3.217). 2019 Oct;42(10):1582-1589. doi: 10.1038/s41440-019-0277-8. Epub 2019 Jun 7.Examination of the associations between m 6 A-associated single-nucleotide polymorphisms and blood pressure
4Epigenomics (IF: 4.979). 2018 Oct;10(10):1279-1287. doi: 10.2217/epi-2018-0007. Epub 2018 Sep 17.Detection of m 6 A-associated SNPs as potential functional variants for coronary artery disease
5Pharmacogenomics J (IF: 3.503). 2019 Aug;19(4):347-357. doi: 10.1038/s41397-018-0055-z. Epub 2018 Sep 27.Genome-wide enrichment of m 6 A-associated single-nucleotide polymorphisms in the lipid loci
 
 
 
Pri-miR-144 rs9279 is associated with type 2 diabetes and regulation of stress response.
影响因子:5.546
PMID32557658
期刊年卷:J Cell Physiol 2020 Jun 18; 生物二区 生理学 Q1 13/83
 
研究思路
1)筛选6microRNA相关SNPmicroRNA为前期报道的神经内分泌应激反应相关miRNAs),筛选标准:(a) located at the primiRNA region, premiRNA region, or mature miRNA; (b) minor allele frequency (MAF) ≥0.1 in Chinese Han populations; (c) having potentially function as predicted by SNP function prediction (FuncPred) software (http://snpinfo.niehs.nih.gov/ snpfunc.htm)。
2)504 T2D患者和494例对照样本进行关联研究初筛。
3)获得primiR144上的阳性位点rs9279,在第二阶段样本进行验证(596对样本)。
4)基于患者对照血清样本的primiR144表达水平检测提示,不同基因型样本表达差异显著,GG患者的表达水平显著高于TT,TG携带者(下图)。


 

5)基于数据库预测 (www.targetscan.org), NR3C1 (glucocorticoid receptor [GR] gene) miR144的潜在靶基因 (下图a). 基于双荧光报告系统验证了两者的靶标关系(下图b)。


 

6)基于患者对照血清样本的NR3C1表达水平检测提示,不同基因型样本表达差异显著,GG患者的表达水平显著低于TT,TG携带者。

 

MALAT1 rs664589 Polymorphism Inhibits Binding to miR-194-5p, Contributing to Colorectal Cancer Risk, Growth, and Metastasis.
影响因子:9.727
PMID31311811
期刊年卷:Cancer Res 2019 10 15;7920(20) 医学一区 肿瘤学 Q1 17/223研究思路
 
研究摘要



 

rs664589 C>G 的碱基变化可能降低了 miR-195-5p rs664589 区域的结合能力,进而增加了MALAT1的表达,最终导致CRC细胞的增值,迁移和侵袭能力增加。

 

研究思路

1)选择已知肿瘤相关lncRNA基因MALAT1上的功能SNP,满足条件:: (a) minor  allele frequency (MAF) > 0.05 in global population; (b) SNPs in MALAT1 gene were  predicted to locate in the miRNA binding sites using LncRNASNP database; (c) SNPs may modulate the secondary structure of MALAT1 calculated by RNAfold。
21,078 CRC patients 1,175 healthy controls样本中进行基因分型和关联分析,提示rs664589 CG/GG基因型显著增加CRC患病风险。
3332例患者中的274例,以及另一组388例患者样本中的305例,都是癌组织MALAT1表达高于癌旁组织(下图A-B),且rs664589 CG/GG基因型携带者的表达水平高于CC携带者(下图C-D)。此外,MALAT1高表达与更差的总生存率相关(下图E)。


 
4)基于CRISPER-cas9技术建立三种基因型的细胞系,提示G碱基型细胞系的肿瘤特性更加明显(下图A-D)。注射细胞系到小鼠体内,G碱基型细胞系的肿瘤转移能力显著增加(下图E-F)


 

5RNAfold数据库提示rs664589显著改变了MALAT1的二级结构,并且该SNP处于MALAT1基因和miR-194-5p, miR-1792, miR-4717的结合区。RNA pull-down,荧光报告系统,基因表达等实验证明MALAT1 GG 基因型与miR-194-5p结合能力显著低于CC基因型。且miR-194-5p抑制剂显著增加了CC/CG型肿瘤细胞的肿瘤特性。
6MALAT1位于核内,并且和前期文献报道一致,本文也证明MALAT1Ago2依赖形式在核内受miR-194-5p调控。

 

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